PENYAKIT
UDANG BERBASIS TEKNIK 16S RIBOSOLMA DNA
SCREENING OF INDONESIAN ORIGINAL
BACTERIA VIBRIO SP AS A CAUSE OF SHRIMP DISEASES BASED ON 16S RIBOSOMAL
DNA-TECHNIQUE
Penyakit udang merupakan salah satu faktor penghambat dalam
peningkatan produksi udang. Salah satunya adalah penyakit yang disebabkan oleh
bakteri vibrio sp. penyakit ini dapat menyebabkan kematian yang tinggi dan
dianggap sebagai penyebab kematian missal dalam budidaya udang di wilayah Asia
Tenggara dan Asia Timur. Dalam pengujian menggunakan sampel udang windu (Penaeus monodon) yang berumur sekitar 2
bulan yang diambil sebanyak 10 ekor dari tambak udang. Demikian juga sampel
udang yang diambil dari laut jawa di Jepara Indonesia. Sampel tersebut diambil
dengan memperhatikan tingkah laku dan fisik udang dengan kondisi tidak sehat. Amplifikasi,
Sekuensing 16S r DNA, dan analisis
bioinformatika untuk mengetahui spesies vibrio dilakukan di Biotech Center BPPT
Serpong, Banten. Hasil dari sekuensing
DNA tiap isolate bakteri kemudian dibandingkan dengan sekuen DNA pada DNA
Database Bank. Berdasarkan hasil penelitian yang diperoleh adalah tujuh strain
bakteri Vibrio sp, lima strain
diantaranya sudah ada secara internasional pada gen Bank Dunia, yaitu Vibrio alginolyticus, Vibrio
parahaemolyticus, Vibrio harvevi, Vibrio shilonii, dan Vibrio vulnificus.
Dalam genetika dan biokimia sekuensing berarti penentuan
struktur primer (atau sekuens primer) rantai biopolymer tak bercabang.
Sekuensing menghasilkan penggambaran linear simbolik yang disebut sekuens yang
meringkas sebagian besar struktur tingkat atom atas molekul yang di-sekuensing.
Sebagai contoh, sekuensing DNA akan menghasilkan sekuens DNA, yaitu “A”
(nukleotida berbasa sitosin).
Indonesia
yang merupakan salah satu produser udang terbesar di dunia, merupakan hal yang
sangat penting untuk mengetahui jenis-jenis bakteri yang menyebabkan kematian
pada udang, hal ini diyakini bahwa aka nada jenis Vibrio sp asli Indonesia yang kemungkinan tidak ditemui di Negara lain,karena
keragaman jenis bakteri Vibrio sp masih sangat sedikit dipelajari dan
dianalisis upaya penaggulangannya. Dalam upaya penanggulangan terhadap
kemungkinan serangan Vibrio, maka perlu dilakukannya pendeteksian bektari jenis
Vibrio secara tepat, karena pada lokasi perairan yang berbeda dapat memiliki
keragaman spesies Vibrio yang berbeda pula.
Salah satu teknologi terbaik yang mampu mengidentifikasi
spesies Vibrio adalah dengan mengetahui struktur DNA, yakni dengan teknik
sekuens 16S rDNA.Teknik ini merupakan teknik yang relative baru yang belakangan
sering digunakan karena bias dibandingakan dengan basis data di Gen Bank untuk
mengetahui kemiripan homologi DNA dengan bakteri yang sejenis. Skrining bakteri menggunakan teknik
sekuens 16 S rDNA merupakan suatu teknik dalam mengidentifikasi suatu spesies organism.
Teknik ini dilakukan dngan menganalisa struktur atau susunan basa DNA yang
terdapat di daerah 16 S DNA.
Menurut Lusiano (2007)
Studi molekuler terutama analisa asam nukleat merupakan metode terbaik dan
terpercaya untuk menandakan spesies dan menentukan hubungan antara organism yang
berbeda. Analisis sekuens DNA mewakili referensi terakhir untuk mengenai subtipe
dalam satu spesies atau skrining mikroba.
Idealnya, perbandingan di antara strain-strain dalam suatu spesies dapat
diketahui melalui DNA.
Sampel udang windu (Penaeus monodon)
diambil dari tambak di Bengkalis Riau, Sumatera dan di tambak BBPBAP Jepara
Jawa Tengah Indonesia. Berdasarkan hasil isolasi Vibrio dari udang air tambak
dan air laut menggunakan medium agar TCBS diperoleh 7 isolat bakteri Vibrio
yang murni dengan memperhatikan warna, bentuk serta ukuran koloni. Untuk
memudahkan dalam mengidentifiaksi ketujuh isolat tersebut diberi tanda atau
semacam kode A,B,C,D,E,F,G. Padapengkulturan selanjutnya, media yang digunakan
adalah agar TSA Merck. Adapun ketujuh
isolat bekteri berbentuk seperti tanda koma. Semua isolate menunjukkan hasil
oksidase dan katalase positif. Uji menggnakan medium agar TSI untuk
memperlihatkan terjadinya fermentasi glukosa dan sukrosa serta gas H2S
dengan memperhatikan warna pada agar miring dan agar tegak. Semua isolate adalah
negative dan sisanya positif.
Sistem BLAST (Basic
Local Aligment Search Tool) melalui situs http://www.ncbi.nlm.nih.gov/
dapat mencari nama spesies, presentase homologi DNA hasil sekuens. Pengajuan (Submit)
ke Gen Bank dilakukan guna mendapatkan nomor akses dan memperoleh kode strain
sesuai yang diinginkan oleh peneliti, yang merupakan susunan basa yang dimiliki
oleh masing-masing strain.
Hasil BLAST (Basic
Local Aligment Search Tool) melalui http://www.ncbi.nlm.nih.gov/,
menunjukkan bahwa kelima strain adalah
Vibrio alignolyticus, Vibrio parahaemolyticus, Vibrio harveyi, Vibrio shilonii, dan Vibrio vulnificus. Hal ini diyakini bahwa bakteri-bakteri tersebut
memiliki persamaan sekuens melebihi 97% dari yang ada pada Gen Bank Dunia.
Sedangkan dua strain lain sudah diyakini merupakan genus Vibrio sp, tetapi spesiesnya belum diketahui. Strain keenam
memiliki kesamaan sebesar 93% dengan bakteri Vibrio 6G2. Sedangkan strain
ketujuh memiliki presentase homologi 94% dengan beberapa kandidat bakteri yang
disebut sebagai Uncultured bacteriu.
Menurut Handayani
(2008) homolog sekuens 16S rDNA dari masing-masing isolate bakteri dengan
sekuens 16S rDNA dari database Gen Bank dapat diketahui bahwa tidak ada sekuens
16S rDNA bakteri yang identik.
Kesimpulan
Berdasarkan peneliltian
didapat bahwa isolate bakteri yang berhasil diidentifikasi dengan menggunakan
analisis 16S Rdna dari perairan Indonesia (kepulauan Bengkalis, Sumatera dan
dari tambak di Jepara Jawa), lima strain diantaranya sudah terdaftar secara
nasional pada Bank Dunia, yaitu Vibrio
alginolyticus, Vibrio parahaemolyticus, Vibrio harveyi, Vibrio shilonii dan Vibrio vulnificus, dengan tingkat
homolog diatas 97%, sedangkan dua strain yang belum terdaftar secara
internasional dalam Gen Bank Dunia, dan ini diyakini merupakan Vibrio sp asli
Indonesia.
Sumber JURNAL http://www.itk.fpik.ipb.ac.id/ej_itkt32/jurnal/07%20Skrining%20Bakteri.pdf
http://id.wikipedia.org/wiki/Sekuensing
