PENYAKIT UDANG BERBASIS TEKNIK 16S RIBOSOLMA DNA

SCREENING OF INDONESIAN ORIGINAL BACTERIA VIBRIO SP AS A CAUSE OF SHRIMP DISEASES BASED ON 16S RIBOSOMAL DNA-TECHNIQUE

     Penyakit udang merupakan salah satu faktor penghambat dalam peningkatan produksi udang. Salah satunya adalah penyakit yang disebabkan oleh bakteri vibrio sp. penyakit ini dapat menyebabkan kematian yang tinggi dan dianggap sebagai penyebab kematian missal dalam budidaya udang di wilayah Asia Tenggara dan Asia Timur. Dalam pengujian menggunakan sampel udang windu (Penaeus monodon) yang berumur sekitar 2 bulan yang diambil sebanyak 10 ekor dari tambak udang. Demikian juga sampel udang yang diambil dari laut jawa di Jepara Indonesia. Sampel tersebut diambil dengan memperhatikan tingkah laku dan fisik udang dengan kondisi tidak sehat. Amplifikasi, Sekuensing 16S r DNA, dan analisis bioinformatika untuk mengetahui spesies vibrio dilakukan di Biotech Center BPPT Serpong, Banten. Hasil dari sekuensing DNA tiap isolate bakteri kemudian dibandingkan dengan sekuen DNA pada DNA Database Bank. Berdasarkan hasil penelitian yang diperoleh adalah tujuh strain bakteri Vibrio sp, lima strain diantaranya sudah ada secara internasional pada gen Bank Dunia, yaitu Vibrio alginolyticus, Vibrio parahaemolyticus, Vibrio harvevi, Vibrio shilonii, dan Vibrio vulnificus.

        
       Dalam genetika dan biokimia sekuensing berarti penentuan struktur primer (atau sekuens primer) rantai biopolymer tak bercabang. Sekuensing menghasilkan penggambaran linear simbolik yang disebut sekuens yang meringkas sebagian besar struktur tingkat atom atas molekul yang di-sekuensing. Sebagai contoh, sekuensing DNA akan menghasilkan sekuens DNA, yaitu “A” (nukleotida berbasa sitosin).

Indonesia yang merupakan salah satu produser udang terbesar di dunia, merupakan hal yang sangat penting untuk mengetahui jenis-jenis bakteri yang menyebabkan kematian pada udang, hal ini diyakini bahwa aka nada jenis Vibrio sp asli Indonesia yang kemungkinan tidak ditemui di Negara lain,karena keragaman jenis bakteri Vibrio sp masih sangat sedikit dipelajari dan dianalisis upaya penaggulangannya. Dalam upaya penanggulangan terhadap kemungkinan serangan Vibrio, maka perlu dilakukannya pendeteksian bektari jenis Vibrio secara tepat, karena pada lokasi perairan yang berbeda dapat memiliki keragaman spesies Vibrio yang berbeda pula.

       
       Salah satu teknologi terbaik yang mampu mengidentifikasi spesies Vibrio adalah dengan mengetahui struktur DNA, yakni dengan teknik sekuens 16S rDNA.Teknik ini merupakan teknik yang relative baru yang belakangan sering digunakan karena bias dibandingakan dengan basis data di Gen Bank untuk mengetahui kemiripan homologi DNA dengan bakteri yang sejenis. Skrining bakteri menggunakan teknik sekuens 16 S rDNA merupakan suatu teknik dalam mengidentifikasi suatu spesies organism. Teknik ini dilakukan dngan menganalisa struktur atau susunan basa DNA yang terdapat di daerah 16 S DNA.

         Menurut Lusiano (2007) Studi molekuler terutama analisa asam nukleat merupakan metode terbaik dan terpercaya untuk menandakan spesies dan menentukan hubungan antara organism yang berbeda. Analisis sekuens DNA mewakili referensi terakhir untuk mengenai subtipe dalam satu spesies atau skrining mikroba. Idealnya, perbandingan di antara strain-strain dalam suatu spesies dapat diketahui melalui DNA.

          Sampel udang windu (Penaeus monodon) diambil dari tambak di Bengkalis Riau, Sumatera dan di tambak BBPBAP Jepara Jawa Tengah Indonesia. Berdasarkan hasil isolasi Vibrio dari udang air tambak dan air laut menggunakan medium agar TCBS diperoleh 7 isolat bakteri Vibrio yang murni dengan memperhatikan warna, bentuk serta ukuran koloni. Untuk memudahkan dalam mengidentifiaksi ketujuh isolat tersebut diberi tanda atau semacam kode A,B,C,D,E,F,G. Padapengkulturan selanjutnya, media yang digunakan adalah agar TSA Merck. Adapun ketujuh isolat bekteri berbentuk seperti tanda koma. Semua isolate menunjukkan hasil oksidase dan katalase positif. Uji menggnakan medium agar TSI untuk memperlihatkan terjadinya fermentasi glukosa dan sukrosa serta gas H₂S dengan memperhatikan warna pada agar miring dan agar tegak. Semua isolate adalah negative dan sisanya positif.

  
   Sistem BLAST (Basic Local Aligment Search Tool) melalui situs http://www.ncbi.nlm.nih.gov/ dapat mencari nama spesies, presentase homologi DNA hasil sekuens. Pengajuan (Submit) ke Gen Bank dilakukan guna mendapatkan nomor akses dan memperoleh kode strain sesuai yang diinginkan oleh peneliti, yang merupakan susunan basa yang dimiliki oleh masing-masing strain.

Hasil BLAST (Basic Local Aligment Search Tool) melalui http://www.ncbi.nlm.nih.gov/, menunjukkan bahwa kelima strain adalah Vibrio alignolyticus, Vibrio parahaemolyticus, Vibrio harveyi,  Vibrio shilonii, dan Vibrio vulnificus. Hal ini diyakini bahwa bakteri-bakteri tersebut memiliki persamaan sekuens melebihi 97% dari yang ada pada Gen Bank Dunia. Sedangkan dua strain lain sudah diyakini merupakan genus Vibrio sp, tetapi spesiesnya belum diketahui. Strain keenam memiliki kesamaan sebesar 93% dengan bakteri Vibrio 6G2. Sedangkan strain ketujuh memiliki presentase homologi 94% dengan beberapa kandidat bakteri yang disebut sebagai Uncultured bacteriu.

Menurut Handayani (2008) homolog sekuens 16S rDNA dari masing-masing isolate bakteri dengan sekuens 16S rDNA dari database Gen Bank dapat diketahui bahwa tidak ada sekuens 16S rDNA  bakteri yang identik.

Kesimpulan

Berdasarkan peneliltian didapat bahwa isolate bakteri yang berhasil diidentifikasi dengan menggunakan analisis 16S Rdna dari perairan Indonesia (kepulauan Bengkalis, Sumatera dan dari tambak di Jepara Jawa), lima strain diantaranya sudah terdaftar secara nasional pada Bank Dunia, yaitu Vibrio alginolyticus, Vibrio parahaemolyticus, Vibrio harveyi, Vibrio shilonii dan Vibrio vulnificus, dengan tingkat homolog diatas 97%, sedangkan dua strain yang belum terdaftar secara internasional dalam Gen Bank Dunia, dan ini diyakini merupakan Vibrio sp asli Indonesia. 

Sumber JURNAL http://www.itk.fpik.ipb.ac.id/ej_itkt32/jurnal/07%20Skrining%20Bakteri.pdf

                             http://id.wikipedia.org/wiki/Sekuensing